Diakhir bulan Agustus pada tanggal 26 Agustus 1988 berikralah tiga sinode wilayah yaitu : GKI Sinode Wilayah Jawa Barat, Jawa Tengah dan Jawa Timur. Ketiga sinode wilayah yang awalnya terpisah dan memiliki latar belakang sejarah yang berbeda-beda. Pada tanggal 22 Februari 1934 di Jawa Timur berdirilah gereja yang kemudian disebut GKI Jawa Timur. Demikian juga, pada tanggal 24 Maret 1940 di Jawa Barat berdirilah gereja yang kemudian disebut GKI Jawa Barat, dan pada tanggal 8 Agustus 1945 di Jawa Tengah berdirilah gereja yang kemudian disebut GKI Jawa Tengah.







