GKI hadir dalam sejarah Indonesia yang cukup panjang. Keberadaan GKI dimulai dari zaman kolonial, kemerdekaan, Orde Lama, Orde Baru, hingga era demokrasi. Keberadaan GKI terlihat dari lahirnya tiga sinode. GKI (sinode) Jawa Timur berdiri pada 22 Februari 1934. GKI (sinode) Jawa Barat pada 24 Maret 1940. GKI (sinode) Jawa Tengah pada 8 Agustus 1945. Ketiga sinode itu kemudian bersatu pada 26 Agustus 1988, menjadi GKI yang terdiri dari tiga sinode wilayah.







